Potravinárske silikónové hadičky sa vo všeobecnosti neodporúča prísť do priameho kontaktu s dezinfekčnými prostriedkami. Hoci silikónové trubičky v niektorých prípadoch znesú určité chemikálie, dezinfekčné prostriedky často obsahujú silné oxidanty, chloridy, alkoholy alebo iné korozívne a reaktívne chemické zložky, ktoré môžu reagovať so silikónovým gélom a spôsobiť povrchovú koróziu, stvrdnutie, zmenu farby alebo zníženie výkonu silikónovej trubice.
Napríklad, hoci je reakcia medzi hydroxidom sodným a silikónovým gélom pri izbovej teplote relatívne mierna, môže pri vysokých teplotách podstúpiť prudkú reakciu, čo ovplyvňuje výkon silikónových trubíc. Podobne dezinfekčné prostriedky obsahujúce chlór, ako je chlórnan sodný, majú silné oxidačné vlastnosti a môžu poškodiť chemickú štruktúru silikagélu. Aj keď sú alkoholové dezinfekčné prostriedky menej dráždivé, dlhodobá expozícia môže mať nepriaznivé účinky aj na silikónový gél.
